化妆品在生产过程中，主要是需要控制细菌数量，包括菌落总数、霉菌和酵母菌总数、耐热大肠菌群、金黄色葡萄球菌、铜绿假单细胞菌。如菌落总数超标，大量细菌繁殖会导致化妆品变质，甚至引起过敏肠胃炎等身体不适。霉菌和酵母菌总数超标会引起肺炎。耐热大肠菌群检出会引发呕吐。金黄色葡萄球菌检出会引发皮炎溃烂。铜绿假单细胞菌检出会引发各种炎症等等。因此抹在脸上的东西，如果细菌超标，就不是护肤品、美容品，而是定时炸弹了。但是化妆品的生产过程中也并不是所有的都需要洁净车间（洁净室）。
化妆品有粉类、膏类，有淋洗类、驻留类，分为很多种，主要是驻留类护肤品，因长期附着在皮肤表面，因而对细菌的控制数量要求较高，尤其是眼部、口唇类以及儿童类皮肤较为敏感的部位或群体。

不同的化妆品具体的生产流程也有不同，但主要是在半成品的贮存、填充、灌装、清洁容器与器具的贮存这些环节，需要注意环境的清洁。细菌大多数是附着在灰尘上的，因此要控制细菌数量，也需要控制灰尘数量，也就是要达到一定的洁净度等级。生产眼部用护肤类、婴儿和儿童护肤类化妆品的半成品的储存间、灌装间、清洁容器储存间需要达到30万级的洁净度要求，而其他护肤类化妆品的半成品储存间、灌装间、清洁容器储存间在有条件的情况下，为了提高化妆品质量，也适宜达到30万级的洁净度。

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